建设工程中的保护区设计，是一种在城市化与基础设施建设进程中，通过科学规划和创新技术，保护生态环境、文化遗产或重要资源的特殊区域管理方式。这类保护区不仅限于传统的自然保护地，还涵盖城市更新、工业项目或交通设施建设中的生态敏感区、历史遗迹缓冲区等。
在保护区设计中，工程团队需遵循可持续发展原则，采用环境影响评估、生态修复技术和绿色建材，以减少对生物多样性、水资源或文化景观的破坏。例如，在建设高速公路时，可能会设置野生动物走廊；在开发城市新区时，保留古树或湿地作为生态核心区。这种设计强调多学科协作，结合工程学、生态学和政策法规，确保经济目标与环境保护的协调。
保护区设计是现代建设工程不可或缺的一环，它体现了人类对自然与文化遗产的尊重，为子孙后代留下可持续的生活空间。
